Instanzen identischer SubVi's, Verhalten unerklärbar

Logisch gibt das Ärger, durch die Feedback-Node in deinen SubVIs erzeugst du einen VI-internen Speicher. Solange das SubVI aber nicht als reentrant definiert ist, existiert dieser Zwischenspeicher auch nur einmal und wird somit zwischen den Aufrufen für deine X- und Y-Arrays ausgetauscht.

Oder anders, ein Nicht-Reentrant VI (und das ist der Standard in LabVIEW) ist nur 1x im Speicher vorhanden und kann nicht mehrmals parallel ausgeführt werden, auch wenn es vielleicht so programmiert ist.

Lösung: Definiere die beiden SubVIs aus deinem Screenshot als reentrant (VI-Properties -> Execution).

Außerdem würde ich, da du unbedingt auf lokale Variable setzt, noch dafür sorgen, dass auf jeden Fall aktuelle Werte im Abschnitt deines Screenshots verwendet werden, z.B. so:
   
THINK Dataflow...

Gruß, Jens

EDIT: Oder anders: du hast nicht unterschiedliche Instanzen, solange deine SubVIs auf non-reentrant eingestellt sind.