PWM counter - unpräzise Phasenbestimmung

Ich habe das mit der While-Loop jetzt mal ausprobiert, leider ohne Erfolg . Nur die Schleifendurchlaufzeit hat sich verlängert, aber die Schwankungen in der Decodierung sind geblieben. In der Konfiguration mit der Timed-Loop hat ein Schleifendurchlauf exakt 1 Tick benötigt (deswegen bin ich auch davon ausgegangen dass es eine SCTL ist) mit der While-Loop dauert ein Schleifendurchgang über 100 Ticks. Aber die Schleifengeschwindigkeit scheint hier gar nicht das Problem zu sein. Wenn mit der Counter von der Theorie her richtig funktionieren müsste, dann kommt das PWM-Signal vielleicht schon mit Schwankungen an?
Das wollte ich eigentlich dadurch ausschließen, indem ich mit einem Signalgenerator das PWM-Signal simuliere. Bei den Sensoren habe ich noch einen Kondensator zur DC-Entstörung eingebaut, was beim Signalgenerator ja nicht nötig ist. Vielleicht bekomme ich ja über die Referenz die Schwankungen ins Signal. Ich muss ja an dem dSub Stecker die Referenz für das Digitalsignal rausführen/anschließen, dafür kann ich laut Bedienungsanleitung jeden der 4 COM-Ports benutzen (da diese alle miteinander verbunden sind). Beim CAN-Bus verwendet man ja Abschlusswiderstände um die Welleneffekte, die bei schnellen Flankenwechseln entstehen, zu vermeiden.
Kann es sein, dass ich auch noch einen Widerstand, oder irgendein anderes Bauteil zwischen meiner Signalleitung und der Referenz brauche?

@Christian: No prob, hoffe der Urlaub war erholsam! Ich bin ja froh, dass mir überhaupt jemand weiterhilft. Bin mit meinem Latein echt am Ende

Vielen Dank!