Multitasking

Eine präzise Taktung ist nur mit Hardware-Timing bei Verwendung einer Messkarte möglich. Aber die von Dir genannten Abweichungen sind schon krass. Offensichtlich wird die CPU manchmal mehrere 100ms zu 100% ausgelastet - dann könnte das schon passieren. Hast Du in allen Schleifen Waits drin? Oder konvertierst Du vielleicht, während das Programm läuft, einen Spielfilm von MPEG nach DivX/AVI?