Zeitverzögerung zwischen parallelen Schleifen - ungewollt!

Das du das Problem schon so weit runtergebrochen hast ist schon mehr als die Hälfte.. jetzt "nur noch" den Fehler lokalisieren.
Passiert beim Debuggen (Execute on Computer) das gleiche Problem?
Sind die Schleifen konstant phasenverschoben?
Vielleicht bringt es wass mal zu probieren die IO in einer Schleife zu bündeln. Also alle DIO-Operationen in der Regelschleife zusammenfassen und z.B. gemeinsam die DO umschalten.

Gruß