FFT von Mikrofonsignalen

Hallo ich bin gerade in LabVIEW (8.5) eingestiegen und habe folgendes Problem:

Ich zeichne verschiedene Töne mit einem Mikrofon auf, gebe diese verstärkt auf das Datenerfassungsgerät (NI USB-6212).
Nach dem Einlesen mache ich eine FFT(mit FFT-Spektrum (Betrag-Phase))...funktioniert mit allen Signalen ganz gut (anderes Signal->andere Frequenz).
Nur bei Zweien habe ich Probleme. Diese haben nachweißlich unterschiedliche Frequenzen, aber die FFT zeigt mir exakt gleiche an.

Nun ist die Frage warum das so sein kann und vorallem wie man es beheben kann.
Meine Vermutung ist, dass es etwas mit der zeitlichen Dauer der Töne zu tun hat.
Richtig verarbeitete sind etwa 25 mal so lang wie falsch verarbeitete.
Falsch verarbeiteter Ton etwa 500E-6 s (bloß ein paar Schwingungen auf dem Oszilloskop)

Ich hoffe mir kann jemand helfen
Dank schonmal vorab

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