Synchrone Hardware-timed Messung

Hallo! Ich hoffe es kann mir jemand einen Tipp geben wie ich folgendes Problem loesen kann.
Ich moechte ueber eine PCI-6602 zeitlich so exakt wie moeglich synchron Pulse (LED blinkt) generieren und gleichzeitig die Photonen (mit einem Photomultiplier) zaehlen (pulse1.jpg).
Ich hab versucht mit der hardware-timed sample clock und mit der timed loop zu arbeiten, was aber alles nicht so recht funktioniert d.h.
die Pulserzeugung am CO funktioniert prima, aber die Photonenzahl stimmt nicht und auch der Zeitpunkt und die Dauer der Zaehlung.
Folgendes Beispiel geht zwar nicht, aber zeigt dennoch (hoffe ich) was ich vorhabe.