Abfrage des COMM_STATUS

Diese Abfrage ist relativ harmlos. Warum sie so oft kommt (wobei sechs mal in Folge noch fernab von oft ist) wird wohl in deinem Programmablauf begründet sein. Auf keinen Fall sollte sie der Grund für einen Timeout sein.
Klingt eher danach, als würde in diesem "größeren Programm" mit der Hardware an irgendeinem Punkt falsch kommuniziert werden (wenn "nicht die gewünschten Daten" ausgelesen werden, sagt das eigentlich schon alles), was sie zum Schweigen bringt. Oder zu schnell kommuniziert. Oder. Oder. Oder.

Ich würde mal die Kommunikation mit der Hardware auf einen Mini-Stress-Test.vi runterbrechen und schauen, unter welchen Bedingungen sie Unsinn antwortet oder sich dem Gespräch entzieht.

*** edit ***
Achja, die üblichen Verdächtigen kannst du natürlich auch abklappern:
Sind die Serial Settings richtig gesetzt? Insbesondere Anzahl der Stopbits? Wie wird die Antwort abgefragt? Sendet die Hardware ein Abschlusszeichen mit (<cr> und/oder <lf>) und wird darauf gewartet?