Datenerfassung - trennen einzelner Zyklen

Guten Tag zusammen,

ich arbeite im Moment an der Software zur Steuerung, Datenerfassung und Auswertung eines Prüfstands. Die Datenerfassung soll mit dem FPGA einer cRIO (9022) gemacht werden. Das Thema FPGA ist für mich komplettes Neuland. Von NI hab ich ein paar Webcasts angesehen und Nachgelesen, soweit ist mir klar wie das ganze funktioniert.
Nur habe ich noch ein Problem: Der Prüfstand fährt verschiedene Zyklen nacheinander mit verschiedenen Parametern durch (z.B. andere Geschwindigkeit). Die Daten möchte ich nach jedem Zyklus (ein Zyklus dauert grob geschätzt max. 10 sec) auf dem RT System auswerten. Nun benötige ich noch eine Möglichkeit wie ich die einzelnen Zyklen auseinanderhalten kann, denn die Anzahl der Messwerte variert. Wie kann ich dies am besten umsetzen?

Viele Grüsse

PS: Nochmal die Systemdaten: cRIO 9022, 32AI 16bit - 9205, 32DI - 9403 und LV 2013