exe führt bei Start sofort aus

ich klink mich hier mal kurz ein:

Jens meint wohl wie schon so oft eine "State Machine" (such danach hier im Forum, da findest du mehr Einträge als die lieb sein wird).

und die States könnten dann folgende Reihenfolge haben:

1) Programm starten und warten, bis Anschluss gewählt wurde
2) Gerät initialisieren
3) dein Hauptprogramm ausführen oder was auch immer
...
Ende -2) Gerät sauber von der Applikation trennen
Ende -1) alle VIs die sonst noch laufen sauber beenden
Ende ) Applikation schliessen

somit bist du auf der sichern Seite, dass alles immer optimal geöffnet und beendet wird.
Du kannst mit einer StateMachine noch die Fehler abfangen, die auftreten (zB wenn kein Gerät an gewähltem Port hängt etc)

ich hoffe einen Anstoss in die richtige Richtung gegeben zu haben

Gruss,
Christian