Ein Counter in Abhängigkeit vom anderen

zu 1: das liegt am Mess-Prinzip. Der Counter zählt zwar, aber du liest immer zur zu definierten Zeitpunkten (dein Messtakt) die Zählerstände aus. Da kann es durchaus vorkommen, dass - bei entsprechend hoher Drehzahl - Werte "überprungen" werden. Das ist auch so in Ordnung, wenn du eine genauere "Auflösung" brauchst, dann musst du den Messtakt erhöhen.

zu 2: das klingt erstmal nach "schlechtem" Signal. Die 6602 verzählt sich nicht und läuft super-stabil, wenn das angelegte Signal TTL Pegel hat

zu 3: keine Ahnung, den Stop-Trigger verwende ich einmal alle 10 Jahre ...