Grundsätzlich hat sich meine Frage schon beantwortet.
In der IDE wird auf die Quelle zugegriffen die in der Bibliothek definiert ist, im Build wird auf den GAC zugegriffen, wenn dort das Assembly nicht zu finden ist dann wird im Buildverzeichnis nach der Dll gesucht.
Bleibt nur eine Frage offen, was hat Vorrang wenn die Assemblys im GAC installiert sind und die dll im Buildverzeichnis liegt, GAC oder Buildverzeichnis?
Hier
How LabVIEW Locates .NET Assemblies steht zwar was davon in welchen Verzeichnissen sie gesucht werden aber mir ist nicht ganz klar ob das auch die Reihenfolge beschreibt.
