Keine kontinuierliche MEßwerterfassung

Die Irregularität in Deinen Diagramm ist leicht erklärt: Du liest N=500 Samples mit einer Rate von 1 kHz ein, und das ganze Ganze befindet sich in eine Schleife, die diesen Vorgang so oft wie möglich wiederholt. Zwischen den Wiederholungen vergeht aber jedes mal Zeit, da dann immer alles neu konfiguriert wird, und in dieser Totzeit findet keine Datenerfassung statt.
Du mußt also erst einmal wissen, was Du überhaupt willst: kontinuierliche Datenerfassung oder Erfassung von 500 Samples? So wie es jetzt ist, ist es keines von beiden.