Probleme beim Spannung lesen

Verstehe ich richtig, dass Du zwei Signale (jeweils mit +0,04V, bzw. +0,05V und Masse) nacheinander an Deine Karte angeschlossen hast, einmal Dein Signal (wo kommt das eigentlich her) und einmal die Spannungsquelle, wobei Du den Wert der Spannungsquelle messen konntest?
Wenn das so ist, dann liegt es zumindest mal nicht an Deiner Karte, da die sonst auch bei Deiner Spannungsquelle nichts erfassen würde.
Da kann's nur an Deinem Signal liegen. Hast Du da eine Masse und wenn ja, vielleicht irgendwo eine Masseschleife,....?
Du solltest mehr über Deinen Aufbau sagen. So ist es schwierig, Dir zu helfen.

Gruß Markus