Bedienbarkeit meines Programms

Ein Case kostet nicht viel Rechenzeit, bestimmt weniger als das Durchführen einer Messung.

Ziel wäre es ja mit dem Case die Messkanäle einmalig zu konfigurieren und dann die Datenerfassung zu starten. Du solltest jedenfalls nicht in jedem Schleifendurchlauf die Messung neu konfigurieren, sondern vor dem Start der Schleife/Datenerfassung.

Für die Steuerung eines Programms, sieh Dir mal das Producer-Consumer-Muster und die Statemachine an.