Frequenzmessung von Digitalsignal ungenau

Hallo Forum,
leider habe ich noch immer keine Lösung für mein Problem gefunden. Nach wie vor besteht das Problem mit der schwankenden Genauigkeit.

Um auszuschließen, dass das schwankende Signal tatsächlich vom Encoder kommt und die Messung doch stimmt, habe ich Folgendes gemacht:
1. Ich habe das Programm 'Freq+Spannung.vi' etwas abgeändert. Habe alles in eine for-Schleife gepackt, welche 20 Mal durchläuft. Ich nenne das Programm mal 'Freq+Spannung_loop.vi'.
2. Ich habe zwei Rechner und zwei NI USB-6211 genommen. Auf einem Rechner habe ich 'Freq+Spannung.vi' geöffnet und auf dem anderen 'Freq+Spannung_loop.vi'.
3. Auf beiden Rechnern waren die Werte für die minimale und die maximale Frequenz gleich. Die Samplingrate war ebenfalls gleich.
4. Auf dem Rechner mit 'Freq+Spannung.vi' habe ich bei samples to read 100000 eingestellt, auf dem anderen 5000.
5. Die beiden Ni USB-6211 habe ich parallel verkabelt.
6. Ich habe beide Programme möglichst zeitgleich gestartet. (Ist natürlich keine synchrone Messung, aber die beiden Ergebnisse passen schon zusammen. Siehe Plots.)

Zur Info: Die Spannungen, die ich mit dem Programm ja ebenfalls messen kann, waren mir hier egal. Es geht zunächst nur um die Frequenz.

Auf den beiden Plots seht ihr die Ergebnisse. Für mich heißt das ganz klar, dass der Fehler irgendwo in der NI-Hard- oder -Software entsteht.
Ich habe diesen Versuch mehrfach ausgeführt und auch die Rechner und Karten Vertauscht. Die Ergebnisse sehen nicht immer gleich aus. Der Fehler passiert allerdings immer. Wenn ich nicht das Programm mit der Schleife benutze und die Messung von Hand immer wieder neu starte, tritt der Fehler ebenfalls auf.


Bin für dankbar für jeden Tipp.
Danke, Grüße