zwei Kanäle auf der gleichen Karte unterschiedlich abtasten

Die Karte hat nur einen einzigen ADC, davor befindet sich ein MUX, der auf die einzelnen Kanäle switcht. Da kann man nicht kontinuierliche und Einzelwerterfassung gleichzeitig machen. Man kann aber z.B bei Kanal 0 die Messwerte genaus so kontinuierlich erfassen wie die der anderen kanäle, und dann, statt die Messwerte weiter zu verarbeiten, nur einzelne Werte herauspicken. Das hast du zwar versucht, aber dabei ist es geblieben. Das kommt vor. Aber was soll man dazu sagen, wenn Du daraus den Schluß ziehst, dass das überhaupt nicht geht?
Noch etwas anderes: Nomalerweise liest man die Werte nicht einzeln es dem Datenpuffer, sondern, bei einer Datenrate von 1000 Hz, mindesten 100 Werte pro Schleifendurchlauf. Das hat aber den Nachteil, dass der Einzwelwert, den Du für eine Regelung verwenden willst, nicht sofort zu Verfügung steht, wenn Du ihn brauchst. Unter diesen Umstanden ist es so wie Du es gemacht hast am besten. Da werden dann bei jedem Schleifendruchlauf nur die Werte gelesen, die gerade im Puffer sind, also z.B ein Wert oder einige wenige. Der letzte ist, wie Gerd schon sagte, der aktuellste.
Aber, und jetzt kommst: der Graph akkumuliert nicht, er wird bei jedem Schleifenduchlauf gelöscht und zeigt nur die 1,2, oder 3 Werte an, die zuletzt im Puffer waren. Am einfachsten wäre es hier, den Signalverlaufsgraphen durch ein Signalverlaufsdiagramm zu ersetzen.